Le Prophète, invita les musulmans à quitter la cité mecquoise dans le but de gagner l’oasis de Yathrib (devenu par la suite Médine), d'evoir est fait à tout fidèle désireux, dans une optique préventive, de sauver un capital religieux.Ceux-ci font l'objet de violences et de pressions de par la puissante tribu de Quraysh (habitants de La Mecque) car leur pouvoir est mis à mal par la nouvelle religion. Certains de ses Compagnons ont émigré la première fois en Abyssinie. parmi eux il y avait `Outhmân ibnou `Affân et Ja`far ibnou abî Tâlib.

Allah dit ;

اؐلَّذِينَ أُخۡرِجُواْ مِن دِيـٰرِهِم بِغَيۡرِ حَقٍّ إِلَّاۤ أَن يَقُولُواْ رَبُّنا اؐللهُ 

"Ceux qui ont été expulsés uniquement de leurs demeures - contre toute justice, simplement parce qu'ils disaient "Allah est notre Seigneur"» ..." (Coran 22/40)

La douzième année de la mission prophétique, une douze hommes de la ville de Yathrib se rendirent à la Mecque pendant la saison du pèlerinage et rencontrèrent Mohammed à Al-`Aqabah. Ayant entendu son message, ils embrassèrent l’islam et déclarèrent leur foi lors du Premier Serment d’Al-`Aqabah. Le Prophète envoya Mus`ab Ibn `Umayr avec eux à Yathrib pour leur enseigner la religion. Mus`ab réussit à convertir beaucoup de gens à l’islam. L’année suivante, soixante-treize hommes et deux femmes de Yathrib se rendirent auprès du Prophète pendant le pèlerinage et lui prêtèrent allégeance, ce fut le Deuxième Serment d’Al-`Aqabah. Ils promirent de le protéger et d’aider les musulmans de la Mecque à se réinstaller dans leur ville.

Les musulmans quittèrent progressivement la Mecque, par petits groupes, pour ne pas attirer l’attention des Qurayshites.  et Ja`far ibnou abî TâlibFinalement, les Qurayshites se rendirent compte de ce qui se passait et essayèrent d’empêcher nombre d’entre eux de partir. Le Prophète est parmi les derniers musulmans à quitter la ville et arrive à Yathrib. Ce fut seulement quelques mois plus tard qu'Allah autorisa le Prophète à quitter la Mecque. Peu de temps avant son départ, Jibrîl (l’Ange Gabriel) informa Mohammed que Quraysh complotait pour le poignarder dans son sommeil.

 Allah dit :

وإِذۡ يَمۡكُرُبِك اؐلَّذِيِنَ كَفَرُواْ لِيُثۡبِتُوكَ أَوۡ يَقۡـتُلُوكَ أَيُۡرِجُوكَ ۚ وَيَمۡكُرُنَ وَيَمۡـكُرُ اؐلله ۖ وَ اؐللهُ خَيۡرُ اؐلۡمـٰكِرِين

" (Et rappelle-toi) le moment où les mécréants complotaient contre toi pour t’emprisonner ou t’assassiner ou te bannir. Ils complotèrent, mais Allah a fait échouer leur complot, et Allah est le meilleur en stratagèmes" (Coran 8/30)

La nuit où l’assassinat devait avoir lieu, son cousin `Alî Ibn Abî Tâlib  se coucha dans le lit du Prophète tandis que celui-ci se réfugia avec son Compagnon Abû Bakr dans une caverne au Sud de la Mecque, à l’opposé de la direction de Médine. Heureusement pour `Alî, les meurtriers découvrirent son visage avant de le poignarder ; ils le laissèrent alors lorsqu’ils réalisèrent que leur intrigue avait été déjouée.

Le Prophète Mohammed  et Abû Bakr se cachèrent dans une grotte pendant trois jours tandis que les Qurayshites ratissaient les alentours de la Mecque. A un moment, leurs ennemis se tenaient à quelques mètres d’eux à l’extérieur de la grotte, mais Allah les protégea. Une araignée venait de tisser sa toile à l’entrée de la grotte et des colombes y avaient fait leur nid et pondu leurs œufs. Les poursuivants se dirent que personne n’était entré dans cette grotte récemment et ne la fouillèrent pas.

Allah dit ;

إِلاَّ تَنصُرُوهُ فَقَدْ نَصَرَهُ اللّهُ إِذْ أَخْرَجَهُ الَّذِينَ كَفَرُاْ ثَانِيَ اؐثْنَيْنِ إِذْ هُمَا فِي الْغَارِ إِذْ يَقُولُ لِصَـٰحِبِهِ ۧ لاَ تَحْزَنْ إِنَّ اللّهَ مَعَنَا ۖ  فَأنزلَ اللهُ سَكِينتَهُ ۥ عَليهِ وَأيَّدَهُ ۥ بِجُنُودٍ لَّمْ تَرَوْهَا وجَعَلَ كَلِمَةَ اؐلَّذِينَ كَفَرُواْ اؐلسُّفۡلَىٰ ۗ وَكَلِمةُ اؐللهِ هِيَ العُليَا ۗ وَاؐللهُ عَزِيزٌ حَكِيمٌ

"Et si vous ne lui portez pas secours...  Allâh la déjà secouru. Lorsque ceux qui avaient mécru l'avaient banni, deuxième de deux. Quand ils étaient tous deux dans la grotte, et qu'il disait à son compagnon: " Ne ne t'afflige pas, car Allâh est avec nous" Allah fi alors descendre sur Lui Ss"rinité "Sa sakina"et soldat (Anges) que vous ne voyiez pas, et Il abaissa ainsi la parole des mécréants, tandis que la parole d'Allah eut le dessus. Et Allah est Puissant et Sage" (Coran 9/40)

Le Prophète Mohammed  et Abû Bakr poursuivirent donc leur route, conduits par un guide païen, et empruntèrent une route côtière de manière à fausser compagnie avec leurs poursuivants. Lorsqu’ils arrivèrent enfin à Médine, Muhammad lâcha les rênes de sa chamelle et la laissa avancer comme bon lui semblait jusqu’à se qu’elle se posât. Le Prophète acheta la terre où sa chamelle s’était arrêtée. Puis, en attendant que la Mosquée du Prophète et ses appartements y fussent bâtis, le Prophète et Abû Bakr  bénéficièrent de l’hospitalité des Ansâr (musulmans originaires de Yathrib, ville rebaptisée Al-Madînah Al-Munawwarah – la Cité Illuminée – ou Médine). Les Ansâr n’étaient pas riches, mais partagèrent leur nourriture et leurs habitats avec eux, et les aidèrent à s’installer et à trouver du travail.. Néanmoins, ils accueillirent les Muhâjirûn. Cette hijra, morale et spirituelle, mène à la découverte de son Seigneur.

Les païens lancèrent, en effet, plusieurs campagnes militaires pour exterminer l’État musulman naissant. Mais les Ansâr demeurèrent fidèles au Prophète qui n’eut de cesse de les aimer et de les louer. Ce fut le deuxième calife, `Umar Ibn Al-Khattâb qui choisit l’année de la hijrah comme point de départ du calendrier musulman